Une étude, dont les résultats ont été publiés dans la revue Nature, a permis de montrer, grâce à l'analyse de l’ADN mitochondrial de 37 individus ayant vécu en Crête durant l’époque minoenne, que les Minoens seraient les descendants des populations locales autour de la mer Egée: en effet, sur les 21 marqueurs génétiques des échantillons, 15 sont communs avec l’ADN des populations européennes actuelles et néolithiques.

Ces analyses génétiques font apparaître, de plus, que les Minoens sont très éloignés des populations d’Afrique du Nord, anciennes et actuelles, contredisant la théorie qu'ils seraient issus d'un peuple provenant d'Afrique du Nord, qui se serait installé en Crète. Cependant, comme l’ADN mitochondrial n’indique que le lignage maternel, de nouvelles analyses vont devoir être entreprises sur le génome nucléaire pour prendre en compte les apports de la lignée paternelle.