Une étude, dont les résultats intitulés «Mapping gene flow between ancient hominins through demography-aware inference of the ancestral recombination graph» ont été publiés dans la revue PLOS Genetics, a permis, grâce à un algorithme qui permet développer un modèle des lignées des premiers humains, de découvrir que les Hommes modernes (les Homo sapiens) se sont accouplés avec un mystérieux ancêtre archaïque, dont une partie du génome se trouve toujours dans notre ADN.

Cette découverte a été faite «dans le cadre d'un programme plus ambitieux de cartographie du flux de gènes entre les différentes espèces d'hominidés». L'étude ici présentée a «comparé les génomes de deux Hommes de Néandertal (une espèce disparue il y a environ 30.000 ans), d'un Homme de Denisova (une espèce identifiée par analyse génétique) et de deux Hommes modernes d'Afrique (connus pour n'avoir ni gènes de Néandertal ni gènes de Denisova)».

L'algorithme développé «a permis de tracer les métissages entre les différentes espèces d'hominidés ainsi que de remonter à leurs schémas de migration». Selon cette étude, «le génome de l'Homme de Denisova provient à 1 % des gènes d'un ancêtre inconnu», le métissage ayant «pu se produire il y a un million d'années».

Cet ancêtre «pourrait être un Homo erectus, une espèce humaine qui a émergé il y a deux millions d'années, et qui partageait les terres des Hommes de Denisova et de Néandertal», mais, «compte tenu de la taille des fragments d'ADN et du fait que le génome d'Homo erectus n'a encore jamais été séquencé», cela reste difficile de le confirmer.

Cette étude révèlent, en outre, «que les anciens humains se sont accouplés avec Néandertal il y a entre 200.000 et 300.000 ans», bien avant «le métissage plus récent et mieux connu des deux espèces» et bien avant «la migration de l'Homme moderne de l'Afrique vers l'Europe (datée aux alentours de -50.000 ans), de la sorte Néandertal doit «3 à 7 % de son génome aux anciens Homo sapiens».

En fin de compte, «ces deux événements de métissage ont été transmis aux Hommes modernes», puisque 15 % des séquences de métissage archaïques trouvées chez l'Homme de Denisova sont toujours présentes de nos jours». Il en découle «une image d'une série de populations distinctes, se déplaçant dans le monde entier et interagissant régulièrement à l'occasion d'événements de métissage» et produisant «une progéniture hybride dont l'ADN se retrouve encore dans le nôtre».