Une étude, dont les résultats intitulés «Hidden diversity of soil giant viruses» ont été publiés dans la revue Nature Communications, a permis d'identifier 16 nouveaux virus géants dans un échantillon de sol prélevé dans la forêt de Harvard en mai 2017.

Rappelons tout d'abord que, ces dernières années, des virus géants ont été découverts «dans des milieux aquatiques ou dans le pergélisol». Les virus géants connus, «comme les mimivirus, pandoravirus, Tupanvirus», infectent «souvent des cellules eucaryotes, amibes ou algues».

L'étude ici présentée découle de la découverte par hasard, «dans le cadre d'une étude sur le climat», de «16 nouveaux virus géants dans un échantillon de sol prélevé en mai 2017»: en réalité, c'étaient des bactéries qui étaient recherchées, en vue de «savoir comment elles s'adaptaient à l'élévation de température».

Dans cette expérience, les cellules microbiennes ont été «mis en suspension avec une solution de détergent doux qui contenait un colorant de l'ADN». Puis,la cytométrie de flux a été utilisée «pour isoler les cellules» et, de cette façon, «comme les virus géants ont des tailles similaires à celles des bactéries, ils pouvaient eux aussi être identifiés». Par la technique de 'mini-métagénomique', «généralement utilisée pour les milieux aquatiques», 2.000 cellules ou particules «ont été séquencées, faisant apparaître 16 nouveaux virus géants».

Ces nouveaux «virus représentaient de nouvelles lignées virales ou étaient proches d'autres virus géants connus : les Klosneuvirus, le virus CroV (un virus de la famille des Mimiviridae) ou les Tupanvirus». Il faut relever «un nombre important de gènes (plus de 240) codant pour des protéines de la capside, la structure protéique qui enveloppe le génome».

Parmi les noms attribués à ces virus, on peut citer: «Dasovirus, du grec daso, pour forêt, ou Solumvirus, du latin solum, pour sol» et «Harvovirus, en l'honneur de la forêt de Harvard où il a été trouvé». Hyperionvirus qui «possède le plus gros génome identifié dans la famille des Mimiviridae avec un génome qui «compte 2,4 millions de paires de bases», a lui été nommé ainsi «en référence à l'arbre le plus haut du monde, un séquoia».

Alors que «la plupart des virus géants décrits précédemment ont été découverts dans des habitats aquatiques», il est «particulièrement intriguant» que «tous ces génomes de virus géants» ont été trouvés dans le sol. En fin de compte, «si 16 nouveaux virus géants ont pu être identifiés dans un seul échantillon de sol, on peut imaginer que ces micro-organismes sont bien plus nombreux et répandus sur Terre».