• Ingénierie: la méthode d’hybridation/SERRS permet de détecter des séquences d’ADN trop dégradées pour être étudiées via les méthodes biochimiques classiques!____¤201412

     

    Une étude, dont les résultats intitulés «Detection of DNA Sequences Refractory to PCR Amplification Using a Biophysical SERRS Assay (Surface Enhanced Resonant Raman Spectroscopy)» ont été publiés dans la revue PLOS ONE, a permis, grâce à la spectroscopie Raman, d'élaborer un nouvel outil pour détecter des séquences d’ADN trop dégradées pour être étudiées via les méthodes biochimiques classiques (PCR).


    Jusqu'à présent, l’ADN ancien pouvait être étudié dans le cadre de la paléogénétique à l'aide des «méthodes classiques d’amplification enzymatique comme la PCR (réaction de polymérisations enchainées)».

     

    Cependant, l’amplification enzymatique peut échouer du fait d'un «niveau de dégradation de l’ADN trop important, qui bloque la progression de l’enzyme polymérase», car l’ADN ancien «n’est pas tout a fait identique à l’ADN du vivant» puisqu'il subit «selon les conditions de préservation de nombreuses altérations chimiques».

     

    Comme cette molécule d’ADN peut être fragmentée et accompagnée de contaminants, il devient «difficile de l’étudier sans faire appel à des méthodes enzymatiques de réparation parfois longues et onéreuses, sans garantie préalable de la présence de l’ADN recherché».

     

    En vue d'élaborer «un outil robuste aux altérations de l’ADN», qui «permettrait de diagnostiquer rapidement la présence d’ADN dans un échantillon», l'étude ici présentée a développé la méthode d’hybridation/SERRS (Surface Enhanced Resonant Raman Spectroscopy).

     

    Cette approche biophysique, fondée sur la spectroscopie vibrationnelle Raman, permet «la détection de séquences d’ADN double-brin pour une espèce donnée».

     

    Pour tester les performances de cette méthode, «une séquence d’ADN de chamois Rupicapra rupicapra, comportant des degrés d’altération variables a été utilisée». Il est alors apparu «que les molécules les plus dégradées n’ont pas été amplifiées par PCR» tandis qu'elles «ont été détectées avec succès par SERRS». Il est ainsi prouvé qu'on peut «accéder à de l’ADN qui présente un degré de dégradation élevé sans avoir recours a une méthode enzymatique».

     

    En conséquence, cette avancée ouvre la voie à des applications dans de nombreux domaines, comme le domaine médico-légal, celui de l'archéologie et de la paléontologie, mais aussi en cancérologie, «pour diagnostiquer des mutations spécifiques de l’ADN».

     

     


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