• Ingénierie: une procédure d'analyse génétique améliore, pour un coût bien plus faible, la purification d’échantillons d’ADN anciens contaminés par des gènes bactériens!____¤201310

     

    Des travaux, dont les résultats ont été publiés dans la revue American Journal of Human Genetics, ont abouti, dans le cadre de l'analyse de génomes en archéologie, à la mise au point d'une procédure, qui améliore la purification d’échantillons d’ADN anciens contaminés par des gènes bactériens, tout en diminuant le coût de l'opération. Son emploi permettra ainsi d'extraire davantage d’informations à partir des squelettes trouvés.

    L’analyse du génome des restes humains est rendu difficile par l’ADN des bactéries qui se sont installées dans les corps: ainsi, lors de la purification des échantillons, il reste en moyenne, «moins de 1 % du génome originel et l’essentiel de l’ADN provient des unicellulaires». Si, en théorie, «il est possible de tout séquencer puis de zoomer sur la partie qui intéresse les scientifiques», la démarche s'avère «onéreuse et il en résulte un gâchis important qui n’en vaut pas la peine». Aussi, pour se limiter à quelques petits échantillons, on préfère «utiliser des séquences complémentaires à celles intéressantes», cependant, cette méthode est également «coûteuse et chronophage».

    Pour contourner la difficulté, la nouvelle procédure décrite utilise des sondes d’ARN plutôt que d’ADN, qui en se liant «à des séquences complémentaires, sont capables de couvrir l’ensemble du génome d’un Homme moderne». Equipées d’un groupe chimique, qui leur permet de se fixer à des billes microscopiques, elles permettent, après passage de l’échantillon à la centrifugeuse, de séparer «les billes liées à l’ADN humain de l’ensemble des gènes bactériens », de sorte qu'après digestion de l’ARN, il ne reste «que le génome originel des squelettes».

    Testée «sur une douzaine de restes humains datés de -3.500 à -500 ans», cette méthode a permis de «séquencer 13 fois plus de matériel génétique qu’avec les techniques actuelles en moins de manipulations, ce qui permet d’en découvrir davantage sur les squelettes». De plus, cette technique est susceptible d’autres applications que l'archéologie, comme dans le domaine de la police scientifique ou en bactériologie, pour purifier cette fois le génome des unicellulaires, qui pourrait être pollué par de l’ADN humain.

     


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