Une étude, dont les résultats intitulés «Megaphages infect Prevotella and variants are widespread in gut microbiomes» ont été publiés dans la revue Nature Microbiology, a permis d'identifier dans le microbiote intestinal d'une tribu de chasseurs-cueilleurs des phages au génome particulièrement grand.

Rappelons tout d'abord que les phages, qui «sont des virus qui s'attaquent aux bactéries», se retrouvent «partout où les bactéries sont présentes : dans l'environnement, mais aussi dans notre microbiote intestinal». Certains phages, dits lytiques, qui «détruisent complètement leur bactérie cible», participent «à l'équilibre des écosystèmes microbiens» et sont «utilisés pour lutter contre des infections bactériennes, grâce à la phagothérapie».

Il existe également des phages dits 'tempérés' «qui insèrent leurs gènes dans le génome des bactéries qu'ils infectent» et permettent l'évolution des micro-organismes grâce au transfert horizontal de gènes: ainsi, «les phages sont bien connus pour porter des gènes responsables de maladies et des gènes codant pour la résistance aux antibiotiques» (de plus, «des gènes provenant de phages peuvent coder pour des toxines qui aggravent certaines infections bactériennes»).

Pour sa part, l'étude ici présentée «décrit de gros virus bactériophages, des 'mégaphages', trouvés dans l'intestin humain», après «séquencé des bactéries intestinales d'habitants du Bangladesh»: plus précisément, «en reconstituant le génome de ces phages géants», il est apparu «qu'ils faisaient plus de 540 kilobases, c'est-à-dire qu'ils étaient dix fois plus gros que la moyenne des phages», puisqu'en 2016 «on comptait 93 phages avec un génome supérieur à 200 kilobases et aucun à plus de 500 kilobases». En outre, ces génomes sont dotés de «plusieurs caractéristiques intéressantes, notamment l'utilisation d'un code génétique alternatif».

Il est important de noter ici que «l'enveloppe des mégaphages, la capside, devait vraisemblablement mesurer 200 à 300 nm de diamètre, ce qui s'approche de la taille de certaines petites bactéries». Ainsi, alors que «les phages, comme les virus en général, se trouvent à la frontière du monde vivant», les virus géants «s'approchent de la taille des cellules du monde 'vivant'». Il en découle que «ces énormes entités comblent le fossé entre ce que nous considérons comme non-vie et vie».

Notons que «les mégaphages trouvés dans cette étude ont été appelés phages Lak, en référence à la région du Bangladesh où ils ont été trouvés, le Laksham». Concrètement, des fragments de gènes de ces mégaphages ont été trouvés «dans des bactéries Prevotella (*), qui seraient donc les bactéries cibles de ces phages».

En fait, «Prevotella est rare dans le microbiote intestinal des personnes qui ont un régime de type occidental, riche en viandes, graisses et sucres». Il n'est donc pas étonnant que les mégaphages ont pu aussi être découverts «dans le microbiote intestinal de chasseurs-cueilleurs de la tribu Hadza en Tanzanie». Comme ils ont également été retrouvés chez des animaux («des babouins étudiés au Kenya et des cochons élevés au Danemark»), on peut supposer «que ces phages peuvent passer d'une espèce animale à une autre».

Au bout du compte, la bactérie Prevotella étant «associée à des infections respiratoires et à la maladie parodontale», cette étude conduit à penser que «des mégaphages pourrait aider à trouver des traitements contre ces infections», sans négliger que «la découverte de ces phages ouvre aussi la possibilité d'identifier de nouveaux gènes et de nouvelles protéines aux fonctions encore inconnues».

Lien externe complémentaire (source Wikipedia)

(*) Prevotella