Une étude, dont les résultats intitulés «Regulation of Cohesin-Mediated Chromosome Folding by Eco1 and Other Partners» sont publiés dans la revue Molecular Cell, a permis de montrer que des boucles structurent les chromosomes de levure en métaphase à l'instar des boucles de chromatine qui existent notamment chez les mammifères lors de l’interphase. Dans le foulée, elle caractérise les protéines régulant leur taille et positionnement.

Relevons tout d'abord que «le moteur moléculaire cohésine est un complexe protéique en forme d’anneau faisant partie de la famille des complexes impliqués dans la maintenance de la structure des chromosomes (SMC), dont les membres sont conservés chez les eucaryotes comme chez les procaryotes et les archées».

Alors que jusqu’à récemment, «la cohésine était principalement étudiée pour son rôle clé dans le maintien de la cohésion des chromatides-sœurs après réplication, une cohésion nécessaire pour assurer leur fidèle ségrégation lors de la séparation des chromosomes, étape appelée anaphase», de nombreuses études, «principalement conduites chez les mammifères», montrent maintenant «que, en plus de ce rôle, ce complexe établit et maintient des boucles de chromatine le long des chromosomes en interphase, c’est-à-dire hors des périodes de division cellulaire».

L'hypothèse avancée est «que la cohésine initie la formation de ces boucles en capturant de petites boucles à travers son anneau, qui sont alors progressivement agrandies grâce à son moteur moléculaire promouvant un déplacement le long de la molécule d’ADN». Ces boucles «semblent impliquées dans la régulation de processus biologiques tels que la transcription», car «des régions activatrices ou répressives éloignées d’un gène peuvent se rapprocher de celui-ci à la faveur du repliement de la chromatine induit par les boucles, afin de l’activer ou de le réprimer».

Dans ce contexte, «en utilisant la capture de conformation de chromosomes (Hi-C) sur des souches de levure de boulangerie Saccharomyces cerevisiae mutées pour différentes protéines du complexe cohésine», l'étude ici présentée révèle que ce complexe est «capable d’induire des boucles de chromatine, non en interphase, mais en métaphase (stade de la mitose où les chromosomes dupliqués sont encore regroupés avant l'anaphase)».

Pour mettre en évidence ces boucles, «de bien plus petite taille que celles retrouvées chez les mammifères», il a fallu mettre en place «un protocole permettant d’obtenir des matrices de contacts d’une résolution de 1kb». Il apparaît que «ces boucles sont établies indépendamment de la cohésion des chromatides sœurs, et jouent un rôle dans la compaction chromosomique».

En outre, «de nouveaux acteurs protéiques régulant la taille de ces boucles d’ADN» ont été caractérisés: concrètement, «les protéines Eco1 et Wpl1, également trouvées dans le complexe cohésine de l’homme, régulent négativement l’extension des boucles d’ADN».

Pour sa part, «Wpl1 empêche la formation des boucles d’ADN en dissociant les cohésines sur l’ADN, alors que Eco1 inhibe l’extension des boucles en verrouillant le moteur moléculaire des cohésines nécessaire à leur avancée sur l’ADN». C'est la protéine Pds5 qui recrute ces protéines sur la cohésine, «via deux voies indépendantes qui régulent donc le positionnement des boucles et leurs tailles».

Au bout du compte, «cette étude montre que les processus moléculaires de formation de boucles de chromatine régulées par la cohésine sont conservés entre l’homme et la levure, mais qu’ils ont été sélectionnés au cours de l’évolution pour répondre à des fonctions biologiques différentes».